马尾之战，对比中法双方，不管是武器装备，还是军舰吨位，都是法军占据明显优势。福建水师能够在这样不利的情况下，重创侵略者，赶跑法国舰队，理应是大功一件。但是朝中的慈禧太后却不这么认为，她知道再让主战派继续得势，恭亲王一系必将坐大，这是她绝不容许发生的。
于是，在慈禧太后的暗中授意下，醇亲王（慈禧的妹夫）的门生上了一份奏折。奏折上说：福建水师全军覆没，致使南方海防空虚，朝廷再建水师又要花费巨资，造成今天这种局面，都是因为恭亲王等人好战喜功所致。如果不擅自开衅，就不会造成中法两国的战争局面。
这份奏折就诛心了，现在的局面是外国洋鬼子千方百计地想从中国身上捞油水，不是中国不惹事就能天下太平。就好比有个流氓混子想欺负你，他一定会想尽办法来找你麻烦，不管你怎么忍让，这个流氓混子还是会欺负你。所以，忍让根本不能解决问题。你想要流氓混子不来欺负你，忍让这个办法行不通。那你能怎么办呢？办法只有一个，就是比他强。假如你去练拳，能够一拳打晕这个流氓混子，那他欺负你的时候就会心怀顾忌了。假如你有几个朋友能为你打架，那流氓混子就不敢来了，至少他不敢一个人来。假如你告诉父母，正巧你父母认识公检法的朋友，那你父母一个电话，这个流氓混子就绝不敢动你半个指头。假如你努力学习，在校表现良好，获得各种竞赛奖励，这个流氓混子要是欺负你，被曝光到社会，他马上就会面临牢狱之灾。
所以，想要别人不敢欺负你，就要自强！而不是忍让！
恭亲王被弹劾，主战派自然不会坐视，纷纷站出来指责主和派，不该内部斗争，应该一致对外。“以忍让求和平”是妇人之见，这种幼稚的想法在现实中根本不成立。
本来朝会之上，大家都可以畅所欲言。但是这句“妇人之见”把慈禧太后彻底激怒了，下朝之后慈禧在自己的宫里，自言自语的大骂了很久。慈禧一边咬牙切齿的大骂主战派大臣们，一边调集人马。当天夜里，慈禧令醇亲王调集京营，加强戒备。第二天慈禧下懿旨：撤换全部军机大臣。
停奕䜣亲王双俸，命他“家居养疾”；宝鋆原品休致，李鸿藻、景廉降二级调用；翁同龢革职留任，退出军机处，仍在毓庆宫行走。
命左宗棠“家居养疾”，不再担任对法作战钦差大臣；
调刘铭传去川西康巴地区，编修地方史，不再担任台湾巡抚（台湾地区最高军政长官）；
批准冯子材致仕（退休），不再担任滇桂提督（云南广西部队首长）；
调刘永福任胶东总兵，黑旗军不得离开驻地（夺取刘永福兵权）。
1884年，慈禧这次政变，史称：甲申易枢
这下子，大清朝没人再主战了。
清廷不主战，法国可不会罢战。1884年6月，法国国会批准对华战争款项，组建更大规模的远征军，目标直指北京！
1884年10月，法国远征军抵达安南（越南），会同法国驻安南殖民军，水陆齐发，进攻黑旗军驻地——越南山西府。法军以舰炮和哈齐开斯机枪摧毁了扶沙要塞，步兵趁势掩杀，冲上黑旗军的河堤阵地。河堤阵地是山西府防御阵地的关键，黑旗军和法军在此展开了反复争夺。河堤阵地几经易手，白天被法军占领后，黑旗军在夜间又迂回到河堤阵地后方，前后夹击法军。在吃过决死队人操水雷的大亏后，法国舰队日夜警戒。发现黑旗军的迂回部队后，法国军舰用哈奇开斯机关炮对迂回部队扫射，打垮了黑旗军的夹击。第二日白天，法军又用舰炮轰榻西门城楼，进入山西府城内。黑旗军大势已去，撤往红河上游山林地带。
1884年11月，法军驱逐黑旗军后，又向清军北宁大营进犯。北宁清军有两万余人，北宁大营也已经要塞化，法军已经做好了苦战的准备。但主战派军事长官冯子材等已经被朝廷“退休致仕”，清军无心恋战。法军炮声一响，全军溃散，一路退至中越边界。
至此，安南（越南）全境沦为法国殖民地。
越南已定，法军矛头转向中国。1885年初，法军舰队奇袭基隆。去年法军在此被刘铭传率军击败，如今刘铭传已被调往川西高原，清军毫无斗志，基隆一日而下。获得了基隆的煤矿后，法国舰队已经可以直插北京！
越南丢了不心疼，但台湾被攻击，慈禧不得不派人向法国求和，并请求列强“调停”。
但法军并不停歇，1885年3月，法国舰队第二次进犯马尾。主战派的左宗棠被朝廷勒令“回家养疾”，当下福建方面的最高官长闽浙总督何璟、船政大臣何如璋等，在李鸿章对外退让妥协政策的影响下，深恐得罪侵略者，影响中法“和议”和列强“调解”，不但不施防范，反而举行隆重的欢迎仪式，对前来准备进攻中国海军的法国舰队以“友好的接待”。但是法国侵略军并不领情，反而觉得机会难逢，用舰炮摧毁了马尾军港、福建造船厂、马尾炮台，彻底消除了中国南方的水上威胁。
左宗棠在家听闻马尾惨败，唏嘘感慨，一病不起。同年，这位七十多岁的老人，曾经的“大清中兴四名臣”，收复新疆的民族英雄，撒手归西。
1885年4月，法军在天津大沽口登陆，举国大哗。慈禧太后在储秀宫坐卧不宁，对着身边的大太监说：“李莲英啊，朝廷养了这么多军队，大清朝这么多男人，怎么就让这些法国洋鬼子打到家门口了？”
李莲英感觉跪下，口中称：“奴才无能，不能为主子分忧。”
慈禧这时也没了方寸：“你说这洋鬼子打进北京怎么办？难道要我一个妇道人家去抵挡吗？”
李莲英忙说：“恳请老佛爷移驾热河省。”
慈禧心中一想，是得避避风头，先保住自己再说。自己发动“甲申易枢”后，很多人对自己不满。认为自己一个女人，对外软弱无能，对内窝里横，把朝廷的敢战之士全部赶走了。现在这种败局，都是自己造成的。
慈禧心说，你们不是主战吗，那现在你们上吧。现在要法国退兵，肯定要签定卖国条约，我不签、让你们来签。
第二天，慈禧太后和光绪皇帝移驾热河省承德避暑山庄，恭亲王奕䜣总理国事，全权负责对法国停战谈判。